宋代管理海外贸易的机构是：

正确答案：D

花生十三方法解析

关键词定位。定位关键词'宋代''海外贸易机构'。机构对应：宋代在广州、泉州等港口设市舶司管理海外贸易，泉州曾为世界大港，D正确。行中书省是元代地方行政机构，排除A；理藩院是清代管民族事务，排除B；总税务司是晚清海关机构，排除C。确认答案为D。

原解析

宋代在广州泉州等港口设市舶司管理海外贸易，泉州曾为世界大港。故选D。