近代允许外国在华设厂、标志列强侵略进入资本输出阶段的条约是：

正确答案：D

花生十三方法解析

关键词定位。定位关键词'允许在华设厂''资本输出'。史实对应：1895年《马关条约》允许日本在通商口岸开设工厂，标志列强侵华由商品输出转向资本输出阶段，D正确。《辛丑条约》使中国完全沦为半殖民地，排除A；《南京条约》《天津条约》均无设厂条款，排除B、C。确认答案为D。

原解析

1895年马关条约允许日本在通商口岸设厂，列强侵华由商品输出转向资本输出。故选D。