并非所有报名的员工都通过了体能测试。 由此可以推出：

正确答案：A

花生十三方法解析

翻译推理之矛盾命题。'并非所有报名的员工都通过了体能测试'，全称肯定命题的否定等值于特称否定命题：有的报名员工没有通过体能测试，A正确。B'所有都没通过'过度推断，原命题只否定'全部通过'；C'有的通过了'不必然成立；D'没有员工报名'无据。确认答案为A。

原解析

'并非所有…都'等值于'有的…不'：有的报名员工没通过。A正确；B过度推断，C不必然，D无据。