行政机关作出限制人身自由的行政强制措施只能由：

正确答案：D

花生十三方法解析

关键词定位。定位关键词'限制人身自由''行政强制措施''设定'。行政强制法规定：限制公民人身自由的行政强制措施只能由法律设定，D正确。内部文件、地方规章、村规民约均无权设定，排除A、B、C。确认答案为D。

原解析

行政强制法规定限制人身自由的强制措施只能由法律设定。故选D。