元朝为管理全国佛教和吐蕃地区事务设立的机构是：

正确答案：D

花生十三方法解析

关键词定位。定位关键词'元朝''佛教和吐蕃事务''机构'。史实对应：元朝设宣政院管辖全国佛教及吐蕃地区事务，西藏自此正式纳入中央行政管辖，D正确。御史台是监察机构，排除A；市舶司管海外贸易，排除B；枢密院管军事，排除C。确认答案为D。

原解析

元朝设立宣政院管理全国佛教和吐蕃地区事务，D项正确。A项御史台掌监察，B项市舶司管对外贸易，C项枢密院管军事，均不符。文段主旨是宣政院管理佛教吐蕃事务。