企业未批先建擅自开工建设项目的后果是：

正确答案：D

花生十三方法解析

本题用关键词定位+排除法。建设项目环评等手续未批先建的后果：由主管部门责令停止建设，处以罚款（环评法可处总投资额1%至5%罚款），并可责令恢复原状，相关责任人还可能被处分。排除：A不只警告；B补办手续不能免除已发生的违法责任；C'既成事实不处理'纵容违法。确认答案为D。

原解析

企业未批先建擅自开工建设项目，后果是责令停止建设、罚款并可责令恢复原状。D项正确。A项仅警告不产生实质后果错误，B项补办手续免除责任错误，C项不予追究错误。