1898年戊戌变法期间创办的京师大学堂后来发展为：

正确答案：D

花生十三方法解析

用关键词定位法。京师大学堂后来发展为：北京大学——1898年戊戌变法期间创办，是近代第一所国立综合性大学，1912年改名北京大学，D正确。南开是张伯苓严修创办，清华源于1911年清华学堂，复旦由马相伯创办，排除A、B、C。确认答案为D。

原解析

京师大学堂是戊戌变法期间创办的近代第一所国立综合性大学，1912年改名为北京大学。燕京大学为教会大学，清华大学源自留美预备学校，复旦大学为民间创办，均非其直接发展而来。