已知“有的员工今天迟到了”这句话为假。由此可以推出：

正确答案：A

花生十三方法解析

用真假推理的矛盾关系解题。特称肯定命题'有的员工今天迟到了'为假，其矛盾命题'所有员工今天都没有迟到'必为真，A正确。B断定'有的迟到了'与已确定的全称否定矛盾；C'大部分没迟到'弱于必然结论且暗含有人迟到；D考勤故障是题干之外的无据猜测。确认答案为A。

原解析

特称肯定命题“有的员工迟到了”为假，其矛盾命题“所有员工都没迟到”必真。B与此矛盾，C断定不完整，D无据。