北宋沈括所著、被誉为“中国科学史上的里程碑”的著作是：

正确答案：D

花生十三方法解析

用关键词定位法。抓关键词'北宋沈括'：其著作《梦溪笔谈》记载活字印刷、磁偏角等多领域成就，被李约瑟誉为'中国科学史上的里程碑'。《水经注》是北魏郦道元，《天工开物》是明宋应星，《农政全书》是明徐光启，排除A、B、C。确认答案为D。

原解析

沈括《梦溪笔谈》记载天文、数学、物理、地质等多领域成就（含活字印刷、磁偏角），被李约瑟誉为中国科学史上的里程碑。故选D。